ハタタテハゼは鮮やかな赤や橙を背に持つ小型種で、外縁リーフの上部など浅中層域に生息します。ホバリングしながら流に向かって浮遊性のプランクトンを捕食し、穴や小さな巣穴を拠点にしておとなしく生活します。成魚はペアで見られることが多く、背鰭の先端を上下に動かす仕草が特徴的です。繁殖形態は一夫一婦制が報告され、個体群は広範囲に分布して比較的安定しています。